연구활동 Research activities

논문
  • [국외]
  • DB plus -tree: A new variant of B plus -tree for main-memory database systems, INFORMATION SYSTEMS 119 (2023)
  • Order-preserving pattern matching with scaling, INFORMATION PROCESSING LETTERS 180 (2023)
  • Fast single individual haplotyping method using GPGPU, COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE 113 (2019)
  • A Simple Heuristic for Order-Preserving Matching, IEICE TRANSACTIONS ON INFORMATION AND SYSTEMS E102D (2019)
  • PEATH: single-individual haplotyping by a probabilistic evolutionary algorithm with toggling, BIOINFORMATICS 34 (2018)
  • FM-index of alignment with gaps, THEORETICAL COMPUTER SCIENCE 710 (2018)
  • An O (n(2) log m)-time algorithm for the boxed-mesh permutation pattern matching problem, THEORETICAL COMPUTER SCIENCE 710 (2018)
  • On Representations of Ternary Order Relations in Numeric Strings, Mathematics in Computer Science 11 (2017)
  • A space-efficient alphabet-independent Four-Russians' lookup table and a multithreaded Four-Russians' edit distance algorithm, THEORETICAL COMPUTER SCIENCE 656 (2016)
  • FM-index of alignment: A compressed index for similar strings, THEORETICAL COMPUTER SCIENCE 638 (2016)
  • Improved Algorithms for the Boxed-Mesh Permutation Pattern Matching Problem, Lecture Notes In Computer Science 9133 (2015)
  • A fast algorithm for order-preserving pattern matching, Information Processing Letters 115 (2015)
  • A new graph model and algorithms for consistent superstring problems, PHILOSOPHICAL TRANSACTIONS OF THE ROYAL SOCIETY A-MATHEMATICAL PHYSICAL AND ENGINEERING SCIENCES 372 (2014)
  • Fast Order-Preserving Pattern Matching, Lecture Notes In Computer Science 8287 (2013)
  • Suffix Array of Alignment: A Practical Index for Similar Data, Lecture Notes In Computer Science 8214 (2013)
  • Suffix Tree of an Alignment: An Efficient Index for Similar Data, Lecture Notes In Computer Science 8288 (2013)
  • Finding consensus and optimal alignment of circular strings, THEORETICAL COMPUTER SCIENCE 468 (2013)
  • Optimization of an Autonomous Car Controller using a Self-Adaptive Evolutionary Strategy, INTERNATIONAL JOURNAL OF ADVANCED ROBOTIC SYSTEMS 9 (2012)
  • Generalization of TORCS car racing controllers with artificial neural networks and linear regression analysis, NEUROCOMPUTING 88 Special (2012)
  • Quantitative Analysis of CPU/GPU Co-execution in High-Performance Computing Systems, INFORMATION-AN INTERNATIONAL INTERDISCIPLINARY JOURNAL 15 (2012)
  • Efficient Algorithms for Consensus String Problems Minimizing Both Distance Sum and Radius, Theoretical Computer Science 412-39 (2011)
  • Linear-time Construction of Two-Dimensional Suffix trees, Algorithmica 59-2 (2011)
  • On-line Construction of Parameterized Suffix Trees for Large Alphabets, Information Processing Letters 111-5 (2011)
  • Finding Optimal Alignment and Consensus of Circular Strings, Lecture notes in computer science 6129 (2010)
  • Improved Algorithms for Finding Consistent Superstrings Based on a New Graph Model, Lecture Notes in Computer Science 5878 (2009)
  • Fast Computation of Rank and Select Functions for Succinct Representation, IEICE TRANSACTIONS on Information and Systems E92-D (10) (2009)
  • Finding the Longest Common Nonsuperstring in Linear Time, Information Processing Letters 109 (18) (2009)
  • Consensus Optimizing Both Distance Sum and Radius, Lecture Notes in Computer Science 5721 (2009)
  • On-Line Construction of Parameterized Suffix Trees, Lecture Notes in Computer Science 5721 (2009)
  • Improving On-line Construction of Two-dimensional Suffix Trees for Square Matrices, Information Processsing Letters 109 (10) (2009)
  • Alignment of Biological Sequences with Quality Scores, International Journal of Bioinformatics Research and Applications 5(1) (2009)

  •  
  • [국내]
  • 극대공통부분서열을 찾는 개선된 알고리즘, 정보과학회논문지 50 (2023)
  • 극대 증가 부분서열을 찾는 선형 알고리즘, 스마트미디어저널 12 (2023)
  • k-배율 순위패턴매칭문제를 해결하는 알고리즘, 정보과학회논문지 49 (2022)
  • 더 긴 극대 공통 부분 서열을 찾기 위한 알고리즘, 정보과학회논문지 49 (2022)
  • 유사도 측정에 대한 극대 공통 부분 서열의 효용성, 한국차세대컴퓨팅학회 논문지 18 (2022)
  • 효율적인 적합도 계산을 통한 PEATH의 수행 시간 개선, 한국차세대컴퓨팅학회 논문지 16 (2020)
  • 사각망 순열패턴매칭 문제에 대한 병렬알고리즘, 정보과학회논문지 46 (2019)
  • GPU의 공유메모리를 활용한 확장편집거리 병렬계산, 정보처리학회논문지. 컴퓨터 및 통신시스템 4 (2015)
  • Snort 기반 탐지 규칙의 유사성 분석 프로그램 개발 및 활용, 한국차세대컴퓨팅학회 논문지 11 (2015)
  • DNA 서열분석을 위한 거리합기반 문자열의 근사주기, 정보처리학회논문지. 소프트웨어 및 데이터 공학 2 (2013)
  • 멀티코어 환경에서의 접미사 트리 병렬 생성 알고리즘, 정보과학회논문지 : 컴퓨팅의 실제 및 레터 18 (2012)
  • 2차원 비트행렬의 공간 효율적 Rank와 Select, 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 39 (2012)
  • 일반화접미사배열을 이용한 선형시간 최장공통비상위문자열 알고리즘, 정보과학회논문지: 시스템 및 이론 38-5 (2011)
  • 환형문자열에 대한 쌍합 기반의 다중서열배치, 정보과학회논문지: 시스템 및 이론 38-3 (2011)
  • 문자열 집합에 대한 일반화접미사트리의 병행적 생성 알고리즘, 정보과학회논문지: 시스템 및 이론 38-1 (2011)
  • A Generalization of the Linearized Suffix Tree to Square Matrices, 멀티미디어학회논문지 Journal of Korea Multimedia Society 13-12 (2010)
  • 거리반경기반 대표문자열 문제의 NP-완전, 정보과학회논문지: 시스템 및 이론 36-3 (2009)
  • Improving Lookup Time Complexity of Compressed Suffix Arrays using Multi-ary Wavelet Tree, Journal of Computing Science and Engineering 3(1) (2009)
  • 샘플링 비율 조정을 통한 Clark의 Select 함수의 효율적 구현, 한국차세대컴퓨팅학회논문지 5(1) (2009)
  • 최장공통비상위문자열을 찾는 새로운 알고리즘, 정보과학회논문지: 컴퓨팅의 실제 및 레터 15(1) (2009)
  • Efficient OTP(One Time Password) Generation using AES-based MAC, Journal of Korea Multimedia Society 11-6 (2008)
특허
  • [국내]
  • 미로 생성 방법 및 장치, 2016-10 (등록)
  • 미로 생성 방법 및 장치, 2015-04 (출원)
저역서
  • 실전 C 프로그래밍, 2019-02
  • Two-Dimensional Pattern Indexing (Encyclopedia of Algorithms), 2008-06
학술발표
  • 극대 공통 부분 서열 알고리즘을 개선하기 위한 간단한 전략, 한국소프트웨어종합학술대회 2021(한국정보과학회), 2021-12
  • k-배율 순위패턴매칭, 한국소프트웨어종합학술대회 2021(한국정보과학회), 2021-12
  • 최장 공통 부분 서열과 극대 공통 부분 서열의 길이 비교 및 분석, Annual Conference of KIPS(ACK) 2021(한국정보처리학회), 2021-11
  • 범유전체 인덱스에 대한 최근 연구 실험 분석, 2019년 한국컴퓨터종합학술대회(한국정보과학회), 2019-06
  • PEATH 하플로타입 페이징 알고리즘의 효율적인 적합도 계산, 2017년 한국컴퓨터종합학술대회(한국정보과학회), 2017-06
  • 품질정보의 사용유무에 따른 하플로타입 페이징의 결과 차이, 한국정보처리학회 2017년 춘계학술발표대회(한국정보처리학회), 2017-04
  • 유전체 데이터에 대한 배치 FM-인덱스의 실험적 분석, 2016년 한국컴퓨터종합학술대회(한국정보과학회), 2016-06
  • BOA를 이용한 하플로타입 추정, 한국정보처리학회 2015년 추계학술발표대회(한국정보처리학회), 2015-10
  • 하플로타입 페이징에 대한 탐욕적 알고리즘, 한국정보처리학회 2015년 추계학술발표대회(한국정보처리학회), 2015-10
  • Generation of an arbitrary shaped large maze by assembling mazes, 2015 IEEE Conference on Computational Intelligence and Games (CIG)(IEEE), 2015-09
  • On Representations of Ternary Order Relations in Numeric Strings, The 2nd International Conference on Algorithms for Big Data(ICABD)(King's College London), 2014-04
  • 유전체 데이터에 대한 배치 접미사 배열의 실험적 분석, 한국정보과학회 2013 추계학술발표회(한국정보과학회), 2013-11
  • TBB, Cilk Plus를 이용한 병렬 접미사 트리 생성 알고리즘 구현 및 성능 분석, 2012 한국컴퓨터종합학술대회(KCC2012)(한국정보과학회), 2012-06
  • 2차원 비트스트링의 공간 효율적 rank와 select, 2012 한국컴퓨터종합학술대회(KCC2012)(한국정보과학회), 2012-06
  • A New Parallel Partition Algorithm for Parallel Suffix Tree Construction, The 2012 International Conference on Information Science and Technology (IST2012)(IST2012), 2012-04
  • Exploration of CPU/GPU Co-execution: From the Perspective of Performance, Energy, and Temperature, RACS2011, 2011-11
  • Consensus Problems for Circular Strings, WAAC2011(The 14th Korea-Japan Joint Workshop on Algorithms and Computation)(The 14th Korea-Japan Joint Workshop on Algorithms and Computation), 2011-07
  • 환형 문자열에 대한 쌍합 기반의 다중서열배치, 한국정보과학회 2010 가을 학술발표논문집 (한국정보과학회)(한국정보과학회), 2010-11
  • 접미사배열을 이용한 최장공통비상위문자열 찾기, 한국정보과학회 2010 가을 학술발표논문집 (한국정보과학회)(한국정보과학회), 2010-11
  • Finding Optimal Consensus Problems over Hamming Distance Sum and Radius, The 3rd Annual Meeting of the Asian Association for Algorithms and Computation, 2010-04
  • Two Dimensional Linearized Suffix Trees, The 12th Korea-Japan Joint Workshop on Algorithms and Computation (SIGTCS KIISE)(SIGTCS KIISE), 2009-07
  • Construction of Parameterized Suffix Trees Revisited, The 12th Korea-Japan Joint Workshop on Algorithms and Computation (SIGTCS KIISE)(SIGTCS KIISE), 2009-07
  • 이차원 선형화 접미사 트리, 2009 한국컴퓨터종합학술대회(KCC2009) 논문집 (한국정보과학회)(KCC2009 논문집 한국정보과학회), 2009-07
  • 일반화된 접미사 트리의 온라인 동반 생성 알고리즘, 한국정보처리학회 춘계학술발표대회 논문집, 2009-04
  • 절단 접미사 트리를 생성하는 새로운 알고리즘, 한국정보처리학회 춘계학술발표대회 논문집, 2009-04
  • Randomized linear-time on-line construction of two-dimensional suffix trees, The Korea-Japan Joint Workshop on Alg. & Comp. (Information Processing Society of Japan)(Information Processing Society of Japan), 2008-07